Mae Bendigeidfran (neu Brân) fab Llŷr yn frenin ar Ynys y Cedyrn (sef Ynys Prydain) a chanddo frawd, Manawydan, a chwaer o’r enw Branwen; mae Nisien ac Efnysien yn ddau hanner brawd iddynt. Un diwrnod, pan yw Bendigeidfran yn Harlech, mae’n gweld llongau yn dod dros y môr o gyfeiriad Iwerddon – llongau Matholwch frenin Iwerddon ydynt. Mae Matholwch am briodi Branwen er mwyn clymu’r ddwy ynys ynghyd a’u gwneud yn gryfach. Ar ôl i Bendigeidfran roi ei ganiatâd, mae’r ddau yn priodi. Daw Efnysien i wybod am hyn a cholli ei dymer oherwydd na ofynnwyd ei farn ef ynglŷn â’r briodas. Mae’n sarhau Matholwch trwy anafu ei geffylau gan dorri i ffwrdd eu clustiau, eu gwefusau, eu cynffonnau a’u hamrannau. Pan ddaw Matholwch i glywed am hyn, mae’n penderfynu dychwelyd i Iwerddon ar unwaith. Ond llwydda Bendigeidfran i’w dawelu gan roi aur ac arian iddo fel iawndal, a hefyd bair neu grochan arbennig – y Pair Dadeni. Y peth hynod am y pair hwn yw os ydych yn taflu milwyr sydd wedi eu lladd i mewn i’r pair, erbyn y diwrnod canlynol fe fyddant yn fyw drachefn ond yn methu siarad.
Ar ôl dychwelyd i Iwerddon, mae mab yn cael ei eni i Branwen a Matholwch a rhoddir yr enw Gwern arno. Ond ymhen ychydig, mae’r Gwyddelod yn mynnu cael dial ar y sarhad a wnaeth Efnysien i Matholwch – mae Branwen yn cael ei hanfon i weithio yn y gegin a daw’r cigydd heibio bob dydd a rhoi bonclust iddi. Mae’r sefyllfa hon yn parhau am dair blynedd, hyd nes i Branwen lwyddo i anfon drudwy gyda neges at ei brawd Bendigeidfran. Mae ef a’i fyddin yn mynd i Iwerddon i’w hachub – cerdded trwy’r môr a wna Bendigeidfran gan mai cawr ydyw, yn rhy fawr i unrhyw long. Mae’r Gwyddelod yn ffoi gan dorri’r bont dros afon Llinon ar eu hôl. Ond mae Bendigeidfran yn gorwedd i lawr ac yn ffurfio pont gyda’i gorff enfawr fel bod modd i’w wŷr groesi’r afon. O’r diwedd trefnir heddwch rhwng y Gwyddelod a gwŷr Ynys y Cedyrn. Ond yn ystod y wledd sydd yn dilyn mae Efnysien yn taflu Gwern i’r tân a cheir brwydro ffyrnig rhwng y ddwy blaid. Mae’r Gwyddelod yn cymryd mantais o’r Pair Dadeni hyd nes i Efnysien edifarhau a neidio i’r pair gan ei dorri’n deilchion. Yr unig rai i oroesi’r frwydr yw Branwen a saith o wŷr Ynys y Cedyrn; caiff Bendigeidfran ei glwyfo yn ei droed gyda gwaywffon wenwynig ac mae’n rhoi gorchymyn i’w wŷr dorri ei ben i ffwrdd a’i gladdu yn y Gwynfryn yn Llundain.
Wedi cyrraedd Môn, mae Branwen yn torri ei chalon oherwydd tristwch a galar. Â’r saith gŵr yn eu blaen i Harlech lle maent yn gwledda am saith mlynedd ac yna ymlaen i Ynys Gwales, lle maent yn anghofio am bopeth erchyll sydd wedi digwydd iddynt a lle nad ydynt yn heneiddio. Ond daw’r baradwys i ben wrth iddynt, ar ôl pedwar ugain mlynedd, agor drws na ddylid ei agor ac felly rhaid iddynt ar unwaith deithio i Lundain i gladdu pen Bendigeidfran.